导致肛门外长小肉疙瘩很疼的原因很多，像是外痔、肛乳头炎、肛周脓肿、尖锐湿疣等等，建议先观察一段时间，看是否好转，如果还是很疼的话，建议到医院挂号检查，确诊一下，再进行治疗。