跑步虽然是小腿肌肉为主的运动，但是也会锻炼到了大腿根部的肌肉。所以造成了大腿根部疼痛。

详细点的原因是：

1.跑步虽然是有氧运动，但有氧运动中也有无氧代谢，只是有氧代谢占主要部分而已（无氧运动同理）。所以无氧代谢产生了乳酸，堆积在肌肉处，导致了肌肉酸痛。

2.长时间不运动，突然的跑步导致了腿部肌肉纤维轻微破损发炎，造成第二天肌肉酸痛。很多力量训练追求的正是肌肉纤维的破损，跑步虽然不是力量增肌训练，但是这种情况也是正常的，不是受伤现象。身体会自行修复，不用担心，以后适应了运动强度，就不会再痛了。