抗菌治痢疾

黄连素能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。临床主要用于治疗细菌性痢疾和肠胃炎，副作用比其他药物小很多。

降血脂

黄连素具有降低胆固醇和甘油三脂的作用，其主要作用机理是黄连素能作用于3'UTR区域稳定低密度脂蛋白受体的mRNA（信使核糖核酸）来降低血脂的，与使用的他汀类降血脂药物的作用机理完全不同。这在理论上为寻找新型降血脂药物提供了新的分子靶点。

临床研究表明，口服黄连素（三个月每日1克）可以使高血脂病人的胆固醇、低密度脂蛋白和甘油三酯下降20%～35%。

治疗心血管疾病

黄连素静脉滴注能抑制心跳的加速，主要机制是黄连素能阻断心脏的α-受体，通过减少受体来抑制心脏的跳动，这对心律失常的患者来说是一种良药。

并且临床研究表明，黄连素不仅能显著的降低血脂，对高血糖也有一定的抑制作用，能改善血液循环系统，减少血栓等形成。