本病病因尚未完全清楚，目前考虑有以下原因：

（1）咽鼓管功能障碍

中耳内需要正常气压（内、外的气压基本相等），由一条管道与外界相连，才能保持。这条管道就是咽鼓管。当咽鼓管由于各种原因出现不通畅时，中耳内的气体被吸收，中耳腔像被抽气了一样，出现负压，从而导致中耳黏膜的静脉扩张，管壁被「撑开变薄」，通透性增加，液体漏出聚积于中耳，从而形成中耳积液。

（2）感染

过去的观点认为本病是一种无菌性炎症，但随着检验技术的提高，已经在中耳积液内发现了多种病原体，包括多种细菌、病毒等。

（3）免疫反应

通过对积液的免疫学检测，目前有学者认为分泌性中耳炎可能与免疫反应有关，因为部分免疫反应可以引起中耳分泌物增加和渗出特殊液体。

（4）其他

如吸烟、哺乳方法不恰当（如孩子吮吸母乳时头部过低，乳汁容易流入耳朵等）、家族中有中耳炎病史均是分泌性中耳炎的危险因素。