引起腹痛的病因有太多，以下根据发病部位列举部分常见的病因。

消化系统：胃肠炎、食物中毒、阑尾炎、炎症性肠病（溃疡性结肠炎和克罗恩病）、肠易激综合征、消化道溃疡、胃肠道穿孔、胆囊炎、胆结石、胰腺炎、肝炎、肝脓肿、肝癌等。

泌尿生殖系统：肾盂肾炎、膀胱感染、泌尿系结石梗阻。

腹腔血管相关：缺血性肠病、主动脉夹层。

女性生殖系统：卵巢囊肿、异位妊娠。

胸部疾病所导致的的牵涉痛：如心肌梗死、心绞痛、肺炎、肺梗死等。

全身性疾病：腹型过敏性紫癜、尿毒症、铅中毒、血卟啉病。

在引起腹痛的原因中，可以说消化系统疾病占据了很大的部分。