首先，是隐睾造成睾丸位置不对，没有进入到特意给他准备的阴囊内，反而是到了其他器官的领地，没有合适的位置那么受到挤压损伤的机会就大了，就容易出现睾丸扭转坏死的情况。
其次，由于位置的关系不能给睾丸提供低于人体体温二到三摄氏度的环境，就容易使得睾丸上皮萎缩阻碍精子的产生导致不育;而单侧隐睾者体内会产生相应的抗精子抗体，一旦该因子进入血液循环，将使对侧健康睾丸制造出的精子失去活力。
再次，由于长期的温度过高容易使发生癌变的概率增加，这也是隐睾相比其他危害我们更不愿意见到的局面。
最后，患者因隐睾造成的心理自卑感及婚后不育等问题，均会给患者及家人带来一定的精神创伤。