沙丁鱼营养价值丰富，但是部分人群不宜食用。
痛风患者
因为鱼类含有嘌呤类物质，而痛风则是由于人体内的嘌呤代谢发生紊乱而引起的。
出血性疾病患者
如血小板减少、血友病、维生素K缺乏等出血性疾病患者要少吃或不吃鱼，因为鱼肉中所含的二十碳五烯酸（EPA），可抑制血小板凝集，从而加重出血性疾病患者的出血症状。
肝硬化患者
肝硬化时机体难以产生凝血因子，加之血小板偏低，轻易引起出血，如果再食用富含20碳5烯酸的沙丁鱼、青鱼、金鱼等，会使病情急剧恶化，犹如雪上加霜。
结核患者
服用异烟肼时如果食用某些鱼类容易发生过敏反应，轻者恶心、头痛、皮肤潮红、眼结膜充血等，重者会出现心悸、口唇及面部麻胀、皮疹、腹泻、腹痛、呼吸困难、血压升高，甚至发生高血压危象和脑出血等。
对海鲜过敏者不宜食用
部分过敏体质者对沙丁鱼过敏，使用后易出现发热、皮肤瘙痒、呕吐或者腹泻的症状，为避免过敏，过敏体质者慎吃。