乙脑属于血液传播的自然疫源性疾病。通过媒介昆虫叮咬处于病毒血症的动物，乙脑病毒在昆虫体内增殖，再叮咬人，通过口器把病毒传到人体而引起感染发病。
蚊虫是乙脑病毒的传播媒介，已经证实多种蚊在体内繁殖乙脑病毒，包括库蚊属、伊蚊属、按蚊属中的许多种，其中最为主要是的三带喙库蚊对乙脑病毒的感染阈值低，感染高，有兼吸动物(主要是猪)和人血的习性，且该种蚊分布普遍。另外，国内从台湾蠛蠓和库蠓中分离到乙脑病毒。亦可为传播媒介。
猪作为主要传染源的道理，是由于猪的乙脑感染率高，成幼猪均可感染，更新换代快、数量多，与人的关系密切，且多种蚊虫有兼吸猪和人血的习性，是乙脑病毒的最主要的扩散宿主和传染源。其次为家鼠、猴、马、牛、羊、兔、田鼠、仓鼠、鸡、鸭以及鸟类等也可以作为传染源。