川崎病目前的发病机制尚不清楚，它的一个病因也不明确。 主要的病理变化为全身性血管炎，好发于冠状动脉。 他的病理过程一般分为四期。 如果是急性期主要的是一个全身的炎症反应，有高热、结膜充血、口腔粘膜充血受阻的一个异性水肿，或者多形性的一个红斑。

如果是急性期大概是在持续一周左右，或一周到十天左右，如果是合并的有关的动脉的损伤， 他的病程会更长。一般冠状动脉损伤多于病程的第二到四周， 如果是合并冠状动脉的话，他的一个病程会持续时间很长，持续数月至数年。

病变逐渐愈合，形成瘢痕阻塞动脉的话，很难会在通，这时候就形成了后天性的一个心脏的疾病。所以川崎病的话要经过有效的治疗，如果未经有效的治疗合并冠状动脉损伤。 损伤的程度不一样，它的恢复期持续的时间也不一定。