弓形虫会侵犯人体除红细胞以外的任何细胞，包括肺、心脏、脑细胞等，造成组织细胞水肿，导致脏器损伤。

孕妇感染弓形虫后，可以通过血液循环、胎盘、产道等多个途径造成胎儿感染。弓形虫对胎儿的脑组织有特殊的亲和力，会攻击胎儿脑细胞，造成胎儿脑积水、小脑畸形、无颅骨、脑膜炎、无眼、单眼、先天性白内障、肺炎、心脏增生性病变、唇腭裂、肛门闭锁等等严重的先天畸形，其中神经系统畸形可高达56%。

孕早期或者中期感染弓形虫会使胎儿流产或者畸形，孕晚期感染则有可能造成胎儿早产。