斯柯达明锐手动版的全系列车型采用的都是大众的5档手动MQ250变速箱，斯柯达明锐自动档的车型：1.6L和2.0L车型采用的是6档手自一体09G自动变速箱；1.4TSI和1.8TSI的车型采用是目前更先进的7档DSG双离合自动变速箱。