木瓜牛奶加热后变苦可能有以下原因造成：

1.木瓜太生：来用做木瓜牛奶的木瓜还是比较生的木瓜，生木瓜的口感都是比较生涩，带有一些苦味的，在加热煮沸的制作过程中可能会使这种苦味放大，在甜食中就更显得苦。若买回来的木瓜比较生，建议催熟后再烹饪。

2.木瓜没有清理干净：木瓜靠近外皮的果肉和木瓜籽也会带有有一定的苦味，木瓜皮中也含有苦味的成分，若是没有清理干净的话可能制作出来的成品会具有苦味。