乳头状癌的预后是好的；10年生存率超过90%,在年轻患者超过98%。乳头区和滤泡区的相对比例不影响预后，但是血管侵犯和核异型可能是不利的预后指征。与预后有关的最重要的临床特征取决于原来在风险组所规定的年龄，还有肿瘤大小、甲状腺外侵犯、手术切除的完整性和远隔部位转移。老年人不利的预后指征是肿瘤的体积大、肿瘤的腺外扩展。