使用机械心脏瓣膜的患者术后需终生抗凝，如不使用严格的抗凝疗法，血栓形成的发生率较高，也有因使用抗凝剂导致脑出血的危险。

机械心脏瓣膜因瓣膜构造的原因，在瓣膜闭锁时产生逆流，因此也有因溶血而发生进行性贫血的问题。