尽管科技发展十分迅速，我们有越来越多的仪器来帮助诊断，但是腹痛的鉴别诊断仍然是困难的，主要由于以下几个原因：

（1）腹痛的症状往往不典型，比如阑尾炎患者有时会出现右上腹或者左下腹的疼痛，老年人或服用类固醇药物的患者在腹部脏器发生炎症的时候可能很少感觉到腹痛，这是由于药物减轻了疼痛所致。

（2）辅助检查并不能检查出所有的不正常，比如腹部超声可以漏掉小的结石，CT 平扫可能并不能发现小的胰腺癌，对于服用类固醇药物的人群尽管有炎症或感染的发生，血液检查可能是正常的。

（3） 不同疾病引起的腹痛有很大的相似性，比如某些肠易激综合征的疼痛和肠梗阻、溃疡甚至阑尾炎很相似，克罗恩病也常常与阑尾炎相似。

（4） 腹痛的性质在随着疾病的进展而改变，这常常是影响诊断的另一个因素。