人体的肠道内存在大量外来的物质（抗原）：细菌、病毒和食物，肠粘膜通过免疫性机制构成「粘膜屏障」，可阻止抗原进入体内或控制机体对侵入抗原的免疫反应。如果这些粘膜屏障作用减弱或丧失，抗原便进入人体内，引起过敏性腹泻。

过敏性腹泻属于食物过敏症，主要见于牛奶乳蛋白和大豆蛋白过敏。血清中可检测出抗牛奶沉淀性抗体，斑贴试验、激发试验阳性，可以帮助诊断牛奶过敏。大豆蛋白过敏的诊断在于发现大便中有抗大豆蛋白的抗体，停食大豆后症状可迅速缓解。