根据检查的部位主要分为小肠镜和结肠镜（直肠镜一般由全结肠镜取代），除此还有胶囊内镜，借助一只带有摄像头的胶囊装置来观察小肠结构。通常医生说的肠镜，如果没有特殊说明，一般指结肠镜。