包皮龟头炎的诊断需要结合临床表现和分泌物检查来确定。临床表现主要有两方面，一是局部瘙痒或刺痒感，如果累及尿道，还会出现尿路刺激症状，如尿频、尿急等。二是包皮龟头部位出现红斑，可有脓疱或丘疹，也有的出现脱屑、糜烂。分泌物检查是确立诊断的金标准，例如，念珠菌性包皮龟头炎可在病变部位取材镜检培养找到念珠菌，滴虫性龟头炎可在分泌物找到滴虫等。