肺栓塞的药物治疗根据疾病的严重程度不同治疗方案有所不同。

对于轻症患者，由于肺动脉主干没有完全堵塞，治疗的重点是防止深静脉血栓进一步形成，加重肺栓塞。所以抗凝治疗是肺栓塞治疗的基石。抗凝的目的是降低血栓的复发率。

住院期间可选用肝素、低分子肝素抗凝，逐渐过渡到口服华法林抗凝治疗。由于华法林影响凝血功能，需定期到医院化验凝血功能，警惕大出血。抗凝疗程一般半年，如找不到危险因素或危险因素难以去除，需延长抗凝治疗，甚至终身抗凝治疗。

对于重症患者，肺动脉主干如果完全堵塞，可造成低血压、休克，那就要可考虑溶栓治疗（打通堵塞河道的淤泥）。值得一提的是溶栓治疗有风险。最重要的并发症是出血，发生率约 5%，其中致死性出血（脑出血）发生率约 1%。

用药后警惕出血的发生，患者和家属需要观察尿液、痰液的颜色是否变红，大便是否出现黑便或血便，身体是否出现出血不容易止，等等异常征象，当然患者的神志或者手脚力量出现明显变差，更应该及时报告医生护士。