怀孕前三个月期间内如母亲维生素缺乏，吸烟、饮酒以及过度饮用咖啡可增加腭裂发生的风险；在怀孕期间母亲患有糖尿病或因病需服用苯妥英钠、皮质类固醇激素等药物也可增加胎儿罹患腭裂的风险；患有癫痫的怀孕母亲较正常的怀孕母亲来说其胎儿患有腭裂畸形的风险高达 4~11 倍。