白塞病的发病原因目前还不清楚，可能和遗传、环境、感染、免疫等因素有关系，具体如下：

（1） 遗传：如地中海地区部分白塞病患者有明显的家族遗传模式，日本 5% 白塞病患者中有明显的家族遗传史，但白塞病具体的病变基因目前还不清楚。

（2） 环境：白塞病多发生在地中海、中东、中国和日本，这些地区有较高的白塞病发病率。

（3） 感染：白塞病可能与病毒、细菌感染有关，也可能与结核感染有关。

（4） 免疫：白塞病患者的体内产生了针对口腔黏膜和一部分血管壁的抗体，也就是给口腔黏膜和血管壁贴上了「敌人」标签，使得保护机体不得病的部分警卫细胞把他们当成了敌人，并对他们展开了攻击，造成口腔黏膜和血管壁的病变。