性状不同
虫草花：虫草花是有天然培养基培养的一种菌类，其成品有孢子品和子实体的区别，但是它没有“虫体”，颜色金黄，形似植物花蕊。
冬虫夏草：这种中药材在冬天是虫体，在夏季是植物，很是神奇，其实也是一种高蛋白菌类，主要以虫体出售。
成分不同
冬虫夏草：冬虫夏草中含水分10.85%，脂肪8.50%，粗蛋白25.3%，粗纤维18.55%，碳水化物28.90%，灰分4.80%。脂肪含饱和脂肪酸13.00%，不饱和脂肪酸82.2%，虫草酸约7%，以及冬虫夏草素。
功效不同
虫草花：在临床上虫草花虽然在使用，但是并未将其划为中药材，主要用以辅助治疗眩晕耳鸣、健忘不寐、腰膝酸软、久咳虚喘等症。
冬虫夏草：冬虫夏草甘平保肺，益肾，补精髓，止血化痰，已劳咳，治膈症皆良。
产地不同
虫草花：虫草花虽然是科学研究的成品，但是其生产地却十分受气候的限制，目前锅内主要是以新会和沈阳在种植虫草花。
冬虫夏草：这类自然界生长的菌类在我国很多地区都有分布，但是主要几种在我国青海、西藏、四川、云南、贵州、甘肃等海拔在3500~5000米的高原地区。
价格不同
虫草花：虫草花是科学研究的成品，其价格并不是很贵，一般在100~1000元/斤，平常家庭都可食用。
冬虫夏草：冬虫夏草是目前中药中最贵的一类，其价格在10W以上，产地和药物的品质决定其价格的上涨。