呼吸系统的疾病是引起呼吸困难的最常见的疾病，呼吸困难可分为：吸气性呼吸困难：见于喉、气管因水肿、异物或外部病变压迫所致的上呼吸道梗阻，表现为吸气相延长；鼻腔或咽后梗阻可表现为张口呼吸及鼾音，但小婴儿不会张口呼吸，可表现为吸气性呼吸困难。呼气性呼吸困难，常见于毛细支气管炎、支气管哮喘、闭塞性细支气管炎等，表现为呼气相延长，伴有哮鸣音。吸气和呼气混合性的呼吸困难，见于支气管、肺泡疾病。心血管疾病呼吸困难是心功能不全的常见的症状，尤其左心衰竭时，常有呼吸困难、端坐呼吸、心脏扩大等表现。肺炎合并心力衰竭时，也常表现为呼吸困难的突然加重。神经系统和肌肉疾病中枢性呼吸衰竭常表现为呼吸暂停、呼吸节律不整、深浅不一。呼吸中枢的过度兴奋表现为呼吸急促、呼吸深大。常见的疾病有脑炎、脑膜炎、中毒性脑病、颅内出血、缺氧性脑病，均可导致呼吸急促、深大。颅内压增高及脑疝可致中枢性呼吸衰竭。末梢神经、肌肉麻痹可导致呼吸肌麻痹，如急性感染性的多发性神经根炎、急性脊髓炎、脊髓灰质炎、重症肌无力、有机磷中毒等疾病。