叶黄素堆积发黄

花生芽食用外表粉红、内里白色的花生发育而来，本身应该是白色的，但是见光之后，叶绿体会在光线的刺激下生成叶绿素、叶黄素等带颜色的成分，导致花生芽发黄。

细菌滋生发黄

花生芽含水量高，生长适宜温度在18到25摄氏度左右，这种环境也适合细菌滋生，因此花生芽培育不当的话，会有细菌滋生，导致花生芽出现发褐黄、褐变腐烂等现象。

真菌污染染病发黄

花生芽会被真菌感染，导致生病，如果花生芽被根腐菌寄生，根部会出现腐烂变质的情况，并且会感染其他的花生芽，遇见这种情况需要及时将这种花生芽去掉，避免影响其他的花生芽的质量。