现代医学认为淋球菌侵入细胞的第一步是借助外膜上的菌毛和蛋白Ⅱ粘附到阴茎或者阴道黏膜上皮细胞上，然后直接侵入上皮细胞或刺激上皮细胞吞噬而进入的。
淋球菌进入上皮细胞后就开始繁殖，并使上皮细胞溶解，进而进入黏膜下间隙，从而突破黏膜屏障，引起黏膜上皮的皮下感染。
中医对淋病的病因解释是：
（1）湿热下注：由于酒色，内蕴湿热，外染淫毒，以致湿热毒邪下注，影响膀胱气化，发为淋病。
（2）湿热瘀阻：湿热之邪不能及时清利，瘀阻于内，与气血相博，则湿阻血瘀，气化不利，故常有尿道疼痛不适。
（3）肾气虚弱：由于淫欲不节，房事过劳或者久治不愈，耗伤肾气，故病情较重，病程较长。