发病原因不同

原发性痛经多是由于子宫发育不良、子宫颈口狭窄、子宫过度屈曲或膜样月经，即大片肥厚子宫内膜或子宫内膜管型在排出时引起子宫剧烈收缩导致的经期腹痛。

继发性痛经是指正常行经一段时间后,始发生痛经者.多由于生死器官的器质病变所引起,如生殖器炎症,子宫内膜异位症,肿瘤等。

疼痛开始时间不同

原发性痛经是指从第一次月经来潮就开始出现的经期腹痛；继发性痛经通常是在行经数年或十几年后才出现的经期腹痛。

病理反应不同

原发性痛经是指生殖器官无器质性病变；继发性痛经是因盆腔器质性病变所致的痛经，如子宫内膜异位症，子宫肌瘤等。

治疗方法不同

由于原发行痛经多由子宫的先天发育异常引起的，所以原发性痛经的治疗原则是精神治疗与药物治疗并重；而继发性痛经的主要治疗目的是治疗引起痛经的某类疾病，针对性较强，治疗难度根据实际病情而定。

疼痛时间周期不同

原发性痛经通常发生在月经前期，或在来月经的当天最为疼痛，持续1-3天；继发性痛经一发生在月经周期的早期，持续的时间要比原发性痛经的时间更久。