咽部携带的细菌是耐药肺炎链球菌克隆的主要储存库，可导致急性中耳炎和社区获得性肺炎，可在家庭内传播，有证据表明耐药肺炎链球菌的携带率高低与人口密度有关，如托儿所内入托儿童的比例影响耐药菌株的比例。有研究表明呼吸道病毒感染可增加呼吸道细菌的定植，导致继发细菌感染，尤其是中耳炎。每年小儿平均有3-8次呼吸道感染，而成人仅有2-3次，因此小儿比成人更容易获得耐药菌株的感染。小儿出生后鼻咽部很快带菌，呼吸道病原很快定植，在12个月时，70%小儿的咽部至少有常见的三种呼吸道病原中的一种病原定植。3岁以前超过90%小儿咽部证实有细菌定植。抗生素的应用可潜在增加鼻咽部携带耐药细菌。P-内酰胺类、大环内酯类抗生素的治疗可减少敏感菌株，增加不敏感菌株。