器质性消化不良的患者也可能出现上腹部饱胀、上腹痛、上腹部烧灼感、恶心等消化不良的表现，但与功能性消化不良不同的是，器质性消化不良常有明确的病因，也就是说这些患者的消化不良症状是由食管炎、糜烂性胃炎、胃溃疡、或者是胃癌等疾病造成的。