目前认为，功能性消化不良的发生是由多种因素综合作用的结果，主要包括：

（1）幽门螺杆菌：人的胃内的一种与疾病相关的细菌；

（2）精神心理因素：功能性消化不良的严重程度常常与患者焦虑、抑郁等情况有关；

（3）胃肠道感染病史：曾有胃肠道感染病史（例如细菌性痢疾、阿米巴痢疾等）的患者发生功能性消化不良症状的风险较正常人群明显升高；

（4）基因的差异：研究表明功能性消化不良患者与正常人群在某些基因结构、表达和功能方面有一定程度的差异。