急性附睾炎最容易与睾丸扭转相混淆，两者均属于阴囊内急症，临床表现类似，但治疗方法却截然不同。急性附睾炎主要表现为阴囊肿胀、疼痛，阴囊皮肤发红，有的出现尿频、尿急，体温升高等症状。睾丸扭转多见于青少年，睾丸扭转 2 小时睾丸生精功能受损，6 小时后睾丸便会坏死。睾丸扭转的主要临床表现为阴囊疼痛和阴囊肿大，但体温一般不会升高。

两者的区别主要在于体格检查进行鉴别，附睾炎在体格检查时会发现明显肿大的附睾，并有触痛，睾丸有时也有肿大。将阴囊托起抬高时疼痛感减轻。提睾反射存在。而睾丸扭转在检查时睾丸位置异常，压痛明显，提睾反射消失，托起抬高阴囊时疼痛不会减轻。当两者难以区分时可以做阴囊彩超检查进行鉴别。