目前小肠镜的肠道准备没有什么特殊的地方，与结肠镜基本相同。相比结肠镜，小肠镜的操作难度大，需要分别从口和从肛门进入进行检查。所需要的时间也比结肠镜要更多，一般都在麻醉状态下进行。