肠镜检查主要发现直肠、结肠、小肠等下消化道的疾病。通过结肠镜检查可以发现结肠息肉，结肠癌、溃疡性结肠炎等。通过小肠镜或者胶囊内镜可以发现不明原因的消化道出血、克罗恩病、肠结核等疾病。