肠镜检查并不是十分痛苦。由于需要充气使肠管展开，期间可能会感到腹胀、腹痛；还有遇到肠子转弯的时候，也会感到不适，有些人还有有想排便的感觉。但大多数患者都可以忍受，如果实在腹痛难忍，也可以告知医生，停止检查。