本病必须与中毒性菌痢鉴别。中毒性菌痢与乙脑流行季 节相同，多见于夏、秋季，但起病急骤，数小时内出现高热、惊 厥、昏迷、休克甚至呼吸衰竭。一般不出现颈强及脑膜刺激症 状。可用生理盐水灌肠，如有粘液或脓血便，可经镜检而明确诊 断。还需与化脓性脑膜炎鉴别。其中枢神经系统体征与乙脑 相似，但化脓性脑膜炎多见于冬、春季。脑脊液检查呈混浊，白 细胞每升达10万以上，中性粒细胞在80%以上，脑脊液糖量减 低，蛋白量明显升高。脑脊液涂片培养可确诊。还需与其他病毒所致脑炎相鉴别。腮腺炎病毒脑炎好发 于冬、春季，大多有腮腺炎接触史或腮腺肿大情况，血清淀粉酶 升高，脑脊液及血清腮腺炎病毒抗体升高。埃可病毒或柯萨奇病 毒所致脑炎大多发生在上呼吸道炎及肠道症状后，临床表现较乙 脑轻，无明显脑水肿症状，恢复快。单纯疱瘆病毒脑炎常有额叶 及颞叶受损的定位症状、脑脊液特异性抗体升高。在病初的1-3日内，脑脊液检查在少数病例可呈阴性， 不能因此否定诊断。