胎儿畸形率是很低的，一般在5%以下，多数畸形胎儿会在孕早期会发生流产，少数可以存活下来，或者早产，或者正常生产。
畸形也是受遗传因素影响的，如果有胎儿畸形家族史或以前分娩过畸形儿就容易怀上畸形儿。
此外疾病因素也是怀畸形儿的原因之一，比如患有糖尿病的孕妇容易产下畸形儿，孕早期母体感染(如风疹病毒感染)等都是有造成胎儿畸形的可能的。
坏境因素，如果在孕三个月以内接触过致畸物质，如射线、农药、酒精等或服用了避孕药、抗癫痫药等会提高胎儿畸形率。
高龄孕妇也会增加胎儿畸形率，所以建议女性最好在30岁之前生孩子，最迟不要超过35岁。