经期紊乱跟下丘脑—垂体—卵巢轴的功能失调有直接关系，当体内促卵泡生成激素与促黄体生成激素的比例失调，或者下丘脑分泌的黄体生成激素释放激素受到抑制，月经中期的黄体生成激素高峰小时，则卵巢中虽然有卵泡发育但不排卵。随着卵泡的不断生长发育，雌激素分泌量逐渐增多，促使子宫内膜不断生长，此时临床上则表现为月经后期。
如果卵泡发育不良，雌激素分泌不足，不注意支持子宫内膜而剥脱出血，则表现为月经提前。或者虽然有排卵，但是因为促卵泡生长激素分泌不足，卵泡生长发育迟缓，卵泡期延长则可表现为月经期推迟。如果黄体生成激素不足，黄体发育不全或者过早萎缩，则表现为月经提前。