影响口味

蛏子的内脏中含有一些泥沙和代谢废物，有一定的泥腥味，有些人对泥腥味很敏感，食用未去内脏的蛏子会十分影响口感。

重金属蓄积

蛏子是吃一些藻类、有利有机物长大的，很容易蓄积海洋中的重金属离子，特别是一些被污染海洋，而内脏是重金属离子蓄积最多的部位，因此食用量蛏子的内脏会蓄积一些重金属。

细菌感染

蛏子的食物卫生情况可能不是很好，因此有可能滋生细菌，特别是蛏子没有完全弄熟，杀菌不完全的时候，食用了蛏子的内脏有可能出现细菌感染导致腹泻等情况。