因为肉苁蓉的炮制方法的不同，常将肉苁蓉分为咸苁蓉和淡苁蓉两种。咸苁蓉以色黑质糯、细鳞粗条、体扁圆形者为佳；淡苁蓉以个大身肥、鳞细、颜色灰褐色至黑褐色、油性大、茎肉质而软者为佳，质量较差的肉苁蓉油性少，质地较硬。